Google Apps Scriptの旧UIでプロパティを削除できなかったのでコードでやってみる。
スクリプトのプロパティの右端にある「削除」をクリック→保存しても削除されなかった。

これで削除できました。
コード.gs
function deleteProperty() {
var key = "foobar";// 削除したいプロパティのキーを指定
PropertiesService.getScriptProperties().deleteProperty(key);
}
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補足
新UIではそもそもプロパティを表示する画面がみつからない。
これからはコードで読み書きしていくことになりそうだ。