スプレッドシートに紐付いているプロジェクトが複数ある時
オーナー権限を持っていれば
ファイルメニューの「プロジェクトを削除」から削除できます
たとえば
スプレッドシートでスクリプトエディタを選択して
複数のプロジェクトがある場合はこのような選択画面が表示されます
無題のプロジェクトを開くと
無題のプロジェクト2を開くと
どちらも「プロジェクトを削除...」を選択できます
補足
自分がオーナーではない場合は「プロジェクトを削除...」の選択肢が表示されません
この場合はオーナーに削除してもらいましょう